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バイオインフォ・バイオテクノロジーにまつわる情報

Microbiome

マイクロバイオーム解析④:COBRApyで細菌の代謝をモデリングする(2)

2細菌が同じ環境にいるときの代謝を推定する 前回の記事の続き。2種類の細菌が同じ環境にいるときに、Cooperative/Competitiveな関係になるのか、どのように代謝物を交換するのか、といった細菌間相互作用をCOBRApyを使ったFBA (Flux Balance Analysis)で推…

マイクロバイオーム解析④:COBRApyで細菌の代謝をモデリングする

COBRApy 以前の記事で触れたFlux balance analysis (FBA) にはMATLAB用のパッケージCOBRAが使われている論文が多い。筆者の解析環境にはMATLABはインストールされていないので*1、COBRAの機能をPythonで使えるようにしたパッケージCOBRApyを使おうと思うが、…

マイクロバイオーム解析③:bioBakery, Kraken/Bracken

bioBakery bioBakeryはHarvardのCurtis Huttenhowerのグループが開発したマイクロバイオーム解析のツール群である。マイクロバイオーム関連の研究を見ているとよく名前が出てくるツールが多数含まれているので、改めてどのようなツールが提供されているのか…

マイクロバイオーム解析②: 16Sデータの前処理について

はじめに 16Sアンプリコンシーケンスデータの前処理・一次解析のプロセスを自動化しようとしたら、色々とわかりにくいポイントがあったので以下にまとめる。 シーケンシングまでの過程 データ前処理のプロセスを最適化するには、アンプリコンシーケンスの実…

マイクロバイオーム解析①:QIIME2を使ったメタ16S解析

QIIME2とは マイクロバイオーム界隈のバイオインフォマティシャンが共同で開発するメタ16S解析用のツールキット((ちなみにチャイムと読む))。自分が学生の頃は旧バージョンのQIIMEしか存在していなかったように思うが、2019年頃に公開されたらしい。 基本的…