Context-specific metabolic modeling Context-specific metabolic modelingとは、トランスクリプトーム・プロテオーム等の発現情報を用いて、Recon3DやHuman1等の全代謝反応を含むGenome-scale metabolic model (GEMs)から、解析対象 (e.g. 特定の細胞、組…

2細菌が同じ環境にいるときの代謝を推定する 前回の記事の続き。2種類の細菌が同じ環境にいるときに、Cooperative/Competitiveな関係になるのか、どのように代謝物を交換するのか、といった細菌間相互作用をCOBRApyを使ったFBA (Flux Balance Analysis)で推…

COBRApy 以前の記事で触れたFlux balance analysis (FBA) にはMATLAB用のパッケージCOBRAが使われている論文が多い。筆者の解析環境にはMATLABはインストールされていないので*1、COBRAの機能をPythonで使えるようにしたパッケージCOBRApyを使おうと思うが、…