ダブレットとは シングルセル解析で現在主流になりつつあるのは10x Genomics Chromiumのようなドロップレットベースの方法である。この方法はドロップレットの中で磁気ビーズと細胞を封入し、mRNAの逆転写・増幅を行う (下図b)。ビーズにはポリT領域と、ビー…

CITEseqとは シングルセルトランスクリプトームと表面タンパク質発現量*1を同一細胞から計測する技術*2。概要としては以下のような手法である。 オリゴDNAを付与した抗体を使って細胞を標識。このオリゴDNAにはポリA配列*3、標的タンパク毎にに異なるバーコ…

きっかけ 最近仕事でLocal BLASTの結果をパースして配列が由来する生物種を推定する機会があったのだが、なかなか思うような機能を実装したツールが存在していなかった*1ので作ってみた。 準備 以下のインストール・ダウンロードを行う NCBI BLAST+ BLAST da…