Aurora blog

バイオインフォ・バイオテクノロジーにまつわる情報

CWL

CWL②:BioContainer / scatter / when

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CWLを学ぶ part 2 以前のエントリでCWL (Common Workflow Language) について簡単にまとめたが、マニュアルやgithubを見ていると、いくつか知らない機能があることがわかったので、改めてメモを残しておこうと思う。 auroratummy.hatenablog.com github.com …

Common Workflow Language (CWL)で解析の再現性を高める

Common Workflow Language (CWL) とは バイオインフォマティクスでは複数のツールを組み合わせたパイプラインを構築してデータを処理することが多いと思います。例えばRNA-seq解析であれば以下のような流れが考えられます。 FASTQファイルの準備 (bcl2fastq)…