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バイオインフォ・バイオテクノロジーにまつわる情報

2022-04-01から1ヶ月間の記事一覧

Pyroでベイズモデリング①:基本の確認

Pyro PyroはUberが作った確率的プログラミングのためのPythonライブラリ。PyTorchをベースにしており、PyTorchで実装したニューラルネットを組み込んだ深層生成モデルの開発ができる。最近、シングルセルデータやマルチオミクスデータを対象とした深層生成モ…

シングルセル解析⑧: 細胞の運命を確率的に推定する (Plantir, CellRank)

問題設計 CellRankは、Fabian TheisとDana Pe'erのグループから最近報告された、シングルセルデータから細胞が将来的に辿る状態遷移の可能性を確率的に求める手法。「細胞Aは細胞Bよりも細胞Cへと辿り着く可能性が高い」といった推定ができる。 www.nature.c…