Squidpyとは Squidpyは、シングルセルオミクスデータの探索的データ解析(EDA)に使われるScanpyを開発したFabian Theisのグループがつい最近公開した空間オミクス解析のためのPythonモジュール。 squidpy.readthedocs.io www.biorxiv.org 以前のエントリで空…

はじめに 最近一つの実験で複数種類の高次元データを取得する機会や、ATAC-seqやChIP-seqなどのパラメータがゲノム領域に対応するデータ*1を扱う機会が増えてきた。これまで単一のデータをRで解析する際にはdata.frameクラスやmatrixクラスでデータを扱って…